El objetivo esencial del Protocolo es favorecer la mejor compresión y aplicación de la Ley, proporcionando a sus operadores una guía de actuación y un instrumento para la adecuada implementación del Sistema de Justicia Penal para Adolescentes, al mismo tiempo que fortalece los procedimientos institucionales, interinstitucionales e intersectoriales del Estado Boliviano. El Protocolo tiene como finalidad identificar y validar las funciones y roles de los integrantes del Sistema, conforme a lo dispuesto en el Código, tomando en cuenta los estándares internacionales en materia de abordaje administrativa y judicial de los derechos de las y los Adolescentes en Conflicto con la Ley Penal, con el propósito de ordenar la aplicación de la ley, describiendo con procedimientos claros y eficientes, las acciones que deben desarrollarse para garantizar los derechos de los mismos.